NVIDIA и партнёры открыли набор структур белков более 2800 вирусов
NVIDIA вместе с Google DeepMind и EMBL-EBI представила открытый набор предсказанных трёхмерных структур белковых комплексов более чем 2800 вирусов. Данные доступны учёным через AlphaFold Database.
NVIDIA сообщила о сотрудничестве с Google DeepMind и Европейским институтом биоинформатики Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL-EBI) для выпуска открытого набора данных о вирусных белках. В него вошли предсказанные трёхмерные структуры белковых комплексов более чем 2800 вирусов. По описанию компании, набор доступен любому учёному через AlphaFold Database.
Структуры получили с помощью AlphaFold2 — модели Google DeepMind, предназначенной для предсказания того, как белки сворачиваются в трёхмерные формы. Для вычислений использовали оптимизацию NVIDIA BioNeMo Inference Runtime. Такой подход позволил масштабировать обработку до тысяч вирусных протеомов и предсказывать комплексы — группы взаимодействующих белков, закодированных в каждом вирусе.
NVIDIA также открыто выпускает BioNeMo Structure Prediction Pipeline — рабочий процесс с ускорением на графических процессорах, применённый для создания набора. По замыслу участников, открытый доступ к структурам и инструменту даст исследователям основу для изучения вирусов и подготовки к будущим вспышкам заболеваний.
Почему это важно
Открытый набор объединяет предсказанные структуры вирусных белков и вычислительный конвейер, использованный для их получения. Это снижает барьер доступа к таким данным: исследователи могут работать с ними через AlphaFold Database, а также изучать применённый процесс генерации структур. Практическое значение инициативы будет зависеть от того, как научное сообщество использует эти материалы для исследований будущих вспышек.
